对抗SARS-CoV-2变种的索特罗维马布中和能力的比较:快速计算方法的开发
Dana Ashoor1, Maryam Marzouq1, M-Dahmani Fathallah1
1Department of Life Sciences, Health Biotechnology Program - King Fahad Chair for Health Biotechnology, College of Graduate Studies, Arabian Gulf University, Manama, Bahrain.
JMIR bioinformatics and biotechnology
|October 10, 2024
概括
一种新的计算方法快速评估针对SARS-CoV-2变体的单克隆抗体疗效. 它发现对Omicron变种的结合性下降,突出了像G339H/D这样的突变,使免疫逃避成为可能.
科学领域:
- 病毒学和免疫学 病毒学和免疫学
- 计算生物学和生物信息学
- 结构生物学 结构生物学
背景情况:
- SARS-CoV-2 的快速演变为疾病控制带来了重大挑战.
- SARS-CoV-2尖端蛋白的遗传变异可能导致免疫逃避,降低COVID-19单克隆抗体疗法的有效性.
- 快速的方法对于评估单克隆抗体对新出现的SARS-CoV-2变体的疗效至关重要.
研究的目的:
- 开发一种快速的计算方法来评估抗SARS-CoV-2单克隆抗体对新变异的中和能力.
- 评估特定突变对抗体与受体结合相互作用的影响.
主要方法:
- 使用氨基酸序列生成了SARS-CoV和SARS-CoV-2尖端蛋白的计算3D模型.
- 引入了特定的突变,以创建变异的尖端蛋白模型.
- 通过分析分子相互作用和与变体模型相比的吉布斯自由能量来评估索特罗维马布 (S309) 的中和潜力.
主要成果:
- 中和抗体S309表现出对SARS-CoV和SARS-CoV-2的结合亲和力降低.
- 与原始武汉菌株相比,S309对阿尔法,贝塔,玛和卡帕变种的结合亲和力更高.
- 对三角形和欧米克朗变种观察到明显减少的结合亲和力,G339H和G339D突变被确定为抗体中和逃脱的关键贡献者.
结论:
- 开发的计算方法是快速的,适用于适应治疗性抗体使用对新出现的病毒变异.
- 这种方法可以扩展到评估其他病毒感染的基于抗体的治疗方法.
- 这些发现提供了对SARS-CoV-2变种抗体逃避机制的见解.


