小鼠视网膜的深光谱图书馆用于近视研究:由SWATH和DIA-NNN生成的蛋白质学数据集
Ying Hon Sze1,2, Dennis Yan Yin Tse1,2,3, Bing Zuo1
1Centre for Myopia Research, School of Optometry, The Hong Kong Polytechnic University, Hung Hom, Hong Kong.
Scientific data
|October 10, 2024
概括
研究人员使用先进的质谱仪在近视发育期间在小鼠视网膜中确定了数千种蛋白质. 这一全面的数据集有助于理解视网膜蛋白质组的复杂性和近视的进展.
科学领域:
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 眼科医生 眼科 眼科
- 神经科学是一个神经科学.
背景情况:
- 视网膜对于视觉处理至关重要,并与近视发展有关.
- 数据独立获取 (DIA) 为蛋白质组分析提供了一种强大的方法.
研究的目的:
- 在近视发育期间在单个小鼠视网膜中进行深度蛋白质组识别和量化.
- 为了生成一个全面的,小鼠视网膜特定的光谱库,用于增强蛋白质组分析.
主要方法:
- 在ZenoTOF 7600质谱仪上使用了SWATH-MS采集.
- 使用预测的视网膜特异性光谱库进行数据独立采集 (DIA) 分析.
- 产生了一个带有9,401个蛋白质组,70,041个和95,339个前体的光谱库.
主要成果:
- 在单个小鼠视网膜中实现了深度蛋白质组识别和量化,平均6263±86个独特的蛋白质组.
- 生成的光谱库超过了以前的方法,包括使用数据依赖获取 (DDA) 的方法.
- 该数据集提供了对了解蛋白质组复杂性的关键的可靠量化.
结论:
- 该研究为近视研究和其他视网膜或神经疾病调查提供了宝贵的资源.
- 综合性小鼠视网膜特定的光谱库增强了对视网膜蛋白质组复杂性的理解.
- 这项工作证明了DIA-SWATH-MS在生物样本中深度蛋白质组概况的力量.
