在活细胞中本地同定位的G4s和R循环的全基因组映射
Ting Liu1, Xing Shen1, Yijia Ren1
1Key Laboratory of Birth Defects and Related Disease of Women and Children of MOE, Department of Pediatrics, West China Second University Hospital, State Key Laboratory of Biotherapy and Collaborative Innovation Center of Biotherapy, Sichuan University, Chengdu, China.
eLife
|October 11, 2024
概括
原生G四重复结构 (G4s) 和R环对于DNA调节至关重要. 这项研究绘制了它们在细胞中的共同定位图,揭示了动态模式,并确定了Dhx9作为影响基因转录和细胞功能的关键调节者.
科学领域:
- * 分子生物学 * 分子生物学
- * 基因组学 是一个学科.
- * 表观遗传学 是一种表观遗传学.
背景情况:
- *G四重复结构 (G4s) 和R环是参与DNA调节的非B型DNA结构.
- *它们的相互作用与DNA修复,复制和转录有关.
- * 缺乏对活细胞中本地G4s和R环共定位的全面理解.
研究的目的:
- * 开发和验证捕获活细胞内原生G4和R环的方法.
- * 在人类和小鼠细胞中绘制本地G4s和R循环的共同定位.
- * 调查同局部G4s和R环的调节机制和功能意义.
主要方法:
- * 开发HepG4-seq用于G4捕获和优化HBD-seq用于R循环捕获.
- * 应用这些方法来绘制HEK293细胞和小鼠胚胎干细胞 (mESC) 中的原生G4s和R循环.
- * 涉及酶Dhx9及其在G4-R循环调制中的作用的功能研究.
主要成果:
- * 在人类和小鼠细胞中建立了本地同局部G4s和R环的全面地图.
- *同局部的G4s和R环表现出细胞类型依赖的动态,并且在基因的活性调节区域中得到丰富.
- * 确定了Dhx9螺旋酶是G4-R循环形成和分辨率的直接调节者.
- * Dhx9的枯竭影响了mESC的自我更新和分化,通过改变相关基因的转录.
结论:
- *内源性同局部G4s和R环在活跃的基因调节区域中普遍存在.
- *这些结构在链接基因的转录调节中起着重要作用.
- *这些发现为探索同局部G4s和R循环在发育和疾病中的作用开辟了道路.


