通过基于细分的高级最佳贡献选择来减少对YDH猪种群的外来遗传贡献
L Cao1, T H E Meuwissen2, P Berg2
1National Engineering Research Center for Breeding Swine Industry, College of Animal Science, South China Agricultural University, Tianhe, Guangzhou, Guangdong 510642, China.
Animal : an international journal of animal bioscience
|October 11, 2024
概括
遗传侵入性威胁着东海猪品种的生存. 先进的最佳贡献选择 (aOCS) 有效地减少了外来血统,并增加了有效种群规模 (Ne),有助于保护.
科学领域:
- 动物遗传学动物遗传学
- 保护生物学 保护生物学
- 畜牧养殖 畜牧养殖 畜牧养殖
背景情况:
- 东海 (YDH) 猪是中国广东的一个独特的本地品种,因其黑色毛发和优质市场价值而受到重视.
- 由于最近的杂交举措,来自其他品种的显著遗传侵入 (GI) 威胁到YDH的遗传完整性.
- 了解地理标志和评估保护策略对于保护这个有价值的当地牲畜资源至关重要.
研究的目的:
- 评估东海猪种群遗传内进的程度和当前的保护状况.
- 测试高级最佳贡献选择 (aOCS) 在减轻YDH品种内遗传内进化的有效性.
- 为YDH和其他当地牲畜遗传资源的可持续保护提供战略见解.
主要方法:
- 用360只YDH猪和782只参考猪的SNP芯片数据分析遗传多样性,祖先结构,种群结构和族系.
- 混合物分析以量化外来血统并识别具有显著遗传内进的个体.
- 使用基于单 haplotype 分段的 aOCS 控制亲属关系并保持有效的人口规模 (Ne) 的 10 代保护计划的随机模拟.
主要成果:
- YDH群体表现出0.336-0.344的异构性,最近的有效群体大小 (Ne) 为32.89.
- 混合物分析显示了相当大的遗传内进,在一些个体中检测到32.9%的外来祖先.
- 模拟的aOCS将原生基因组贡献从50.4%增加到71.4%,同时保持Ne为100,有效地减少GI.
结论:
- 仅使用基因组数据的高级最佳贡献选择 (aOCS) 是一种可行且有效的策略,以减轻东海猪种群的遗传侵入.
- aOCS可以同时增加有效种群大小 (Ne),提高YDH品种的长期生存能力.
- 该研究为面临类似挑战的当地牲畜遗传资源的可持续保护和管理提供了宝贵的战略见解.
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