结核菌菌复杂样品通过机械溶解进行处理,这是可靠的全基因组测序的重要一步
Noud Hermans1, Rina de Zwaan2, Arnout Mulder2
1Diagnostics Team, Division of TB Elimination & Health Systems Innovations, KNCV Tuberculosis Foundation, 2516 AB The Hague, the Netherlands; Department Bacterial Surveillance and Response, Center for Infectious Disease Control, Diagnostics and Laboratory Surveillance, National Institute for Public Health and the Environment (RIVM), 3721 MA Bilthoven, the Netherlands.
优化DNA提取Mycobacterium肺结核综合体 (MTBC) 全基因组测序 (WGS) 是关键. 珠打解显著提高了DNA产量和测序成功,使得更早的检测和更快的结果.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 全基因组测序 (WGS) 对于Mycobacterium结核综合体 (MTBC) 严重依赖于DNA提取效率.
- 当前的DNA提取协议可以限制MTBC WGS的周转时间和成功率.
- 有效的真菌细菌溶解对于足够的DNA产量对于药物敏感性预测和基因定型至关重要.
研究的目的:
- 为了比较四个MGIT培养中的MTBC WGS的DNA提取协议.
- 评估机械溶解 (珠子) 对DNA产量和WGS成功的影响.
- 评估早期WGS的可行性从前积极的文化和优化纳米孔测序的协议.
主要方法:
- 从BD BACTECTM MGIT管中进行四种DNA提取协议的比较.
- 在选定的协议中包括一个珠子敲打 (机械溶解) 步骤.
- 评估DNA产量,WGS成功率和读取长度 (N50).
- 从初级和前阳性丰富培养物中提取DNA的评估.
- 为纳米孔测序优化珠子敲击时间.
主要成果:
- 与非机械溶解相比,珠子敲击 (协议B) 增加了大约60倍的DNA产量.
- 通过珠子敲打协议观察到显著改善的WGS成功率.
- 从初级培养物中使用珠子取DNA的成功率很高 (协议C).
- 可靠的WGS是可能的,从使用珠子的前阳性培养中提前五天 (协议D).
- 缩短珠打 (15秒) 的纳米孔测序增加了阅读长度 (N50从1.4kb到2.6kb),同时保持了溶解效率.
- 基于珠子的DNA捕获/净化与基于柱子的方法一样有效.
结论:
- 结合机械溶解步骤,特别是珠子,显著提高了MTBC的DNA产量和WGS成功率.
- 这种优化的协议允许通过WGS更早地检测和基因定型MTBC,从而减少了整体的周转时间.
- 珠子打法简化和加速DNA提取,使WGS更容易获得和更高效.
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