在墨西哥患有遗传视网膜发育不良症的患者中识别致病拷贝数变异,采用基于外体测序数据的深度读取方法
Gerardo E Fabian-Morales1, Vianey Ordoñez-Labastida1,2,3, Froylan Garcia-Martínez1
1Department of Genetics, Institute of Ophthalmology "Conde de Valenciana", Mexico City, Mexico.
Molecular genetics & genomic medicine
|October 14, 2024
概括
对外体测序数据的拷贝数变异 (CNVs) 分析在20%的遗传失明患者中成功识别了致病性CNVs. 这种方法改善了当其他遗传测试无法得出结论时,对视网膜 Dystrophies 的分子诊断.
科学领域:
- 遗传学 是一个遗传学.
- 眼科医生 眼科 眼科
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 视网膜发育不良 (RDs) 是全球遗传失明的主要原因,源于许多基因的遗传缺陷.
- 虽然下一代测序 (NGS) 识别了许多变异,但它往往错过了复制数变异 (CNV),这对于RD诊断至关重要.
- 针对性CNV检测对于分子诊断至关重要,特别是当没有发现单核酸或indel变异时.
研究的目的:
- 评估外基因组测序 (ES) 数据对于检测有病原性拷贝数变异 (CNVs) 在墨西哥患有视网膜变症 (RDs) 患者中的有用性.
- 评估深度读取数据的生物信息学分析的诊断产量,以识别在RD病例中的CNV,先前进行了不确的遗传测试.
主要方法:
- 分析了30名非相关的墨西哥RD患者的外体测序 (ES) 数据,这些患者的遗传结果是负面的或不确定的.
- 使用ExomeDepth软件检测到复制号变异 (CNV),并使用商业CNV呼叫器验证.
- 候选病原性CNV通过定量PCR试验进行了正交验证.
主要成果:
- 在30名患者中,有6名患者 (20%) 发现了致病或可能致病的冠状病毒.
- 在5个案例中实现了明确的分子诊断,导致~17%的诊断率.
- 鉴定到的携带CNV的基因包括CLN3,ABCA4 (新删除),EYS和RPGRIP1.
结论:
- 对外体测序 (ES) 数据的生物信息分析是检测致病拷贝数变异 (CNV) 的可靠方法.
- 将这种分析纳入常规诊断可以提高视网膜发育不良 (RDs) 的分子诊断率.
- 这种方法对于初始遗传检测结果为负面或不确定的患者尤其有价值.
