CTPAD:一个交互式网络应用程序,用于在过敏性疾病中进行全面的转录基因分析

科学领域:

• 生物医学研究的研究.
• 生物信息学是一种生物信息学.
• 免疫学 免疫学 免疫学

背景情况:

• 过敏性疾病是复杂的系统性炎症状况,具有多器官损伤.
• 基因表达异常与过敏性疾病的发展有关.
• 缺少一个公共平台,用于对过敏性疾病的综合转录基因数据分析.

研究的目的:

• 开发一个全面的网络工具,用于对过敏性疾病的多方面的分析.
• 为研究人员提供一个可访问的平台来探索转录基因数据.

主要方法:

• 从基因表达总 (GEO) 数据库下载和标准化人类和小鼠基因表达数据.
• 利用MSigDB基因组进行途径丰富分析和免疫透算法用于免疫细胞比例估计.
• 开发了一个交互式R Shiny网络应用程序,具有jQuery插件和用户反系统等功能.

主要成果:

• 开发了CTPAD,这是一个交互式R Shiny应用程序,用于探索过敏性疾病的转录数据.
• 集成的公共数据库和多种算法用于基因表达,通路丰富和免疫透分析.
• CTPAD提供可定制模块,具有高分辨率可下载图像.

结论:

• CTPAD有助于研究人员,特别是那些没有生物信息学专业知识的研究人员,探索过敏性疾病的转录特征.
• 该工具增强了对过敏性疾病分子基础的理解.
• 在https://smuonco.shinyapps.io/CTPAD/.上公开访问CTPAD.