通过检测DNA甲基化状态在口腔抽样中的表观遗传年龄估计
Zimeng Guan1, Jiaqi Wang2, Zidong Liu2
1Department of Biotechnology, Biomedical Sciences College, Shandong First Medical University & Shandong Academy of Medical Sciences, Jinan, P. R. China.
Electrophoresis
|October 15, 2024
概括
对口腔抹布的DNA甲基化分析准确地预测使用热测序和随机森林回归的年龄. 这种非侵入性方法为法医和临床应用提供了可靠的替代方案.
科学领域:
- 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
- 法医科学 法医科学 法医科学
- 生物分子分析.
背景情况:
- DNA甲基化 (DNAm) 是一个关键的表观遗传机制.
- 特定CpG位点的DNAm水平越来越多地用于年龄估计.
- 口抽样是基于DNAm的年龄预测的一个未充分利用的来源.
研究的目的:
- 在HOXC4,TRIM59和ELOVL2基因中识别年龄相关的甲基化CpG位.
- 开发和验证一个年龄预测模型,使用中国汉族人口口腔抽样中的DNAm.
主要方法:
- 分析了461个口腔拭子样本 (年龄范围为0.4-80.8岁),使用热测序.
- 开发一种随机森林回归模型,将三个基因的八个CpG位点结合起来.
- 年龄预测模型的培训和验证.
主要成果:
- 开发了一种随机森林回归模型,在训练组中达到2.119年的平均绝对误差 (MAE).
- 该模型在一个独立的验证集上证明了4.391年的MAE.
- 在HOXC4,TRIM59和ELOVL2.2中确定了年龄相关的甲基化模式.
结论:
- 口抽样是基于DNAm的年龄预测的合适和非侵入性来源.
- 热测序与随机森林回归相结合,为开发准确的年龄预测模型提供了有效的方法.
- 这项研究有助于法医和临床年龄估计技术的进步.
