用不同溶剂的NMR数据验证宏循环化合物的小分子力场
Franz Waibl1, Fabio Casagrande2, Fabian Dey2
1Department of Chemistry and Applied Biosciences, ETH Zürich, Vladimir-Prelog-Weg 2, 8093 Zürich, Switzerland.
现代计算方法,包括与溶液炼 (REST2) 模拟的复制品交换,可以准确预测宏循环化合物组合. 像OpenFF 2.0和XFF这样的新型力量场对药物设计具有前景,尽管某些情况下仍需要进一步开发.
科学领域:
- 计算化学是一种计算化学.
- 药物发现 药物发现
- 分子建模分子建模
背景情况:
- 由于其独特的结合性质,宏循环为具有挑战性的目标提供治疗潜力.
- 准确预测宏环形态构成组合对于合理的药物设计至关重要.
- 分子动力学 (MD) 模拟很强大,但很大程度上取决于所使用的力场的准确性.
研究的目的:
- 为了对四个不同的力场进行基准测试,以确定它们预测宏循环形态构成组合的能力.
- 为了评估复制品交换的性能与溶液炼 (REST2) 对宏观循环的模拟.
- 将计算预测与核Overhauser效应 (NOE) 实验中的实验数据进行比较.
主要方法:
- 在11个宏环化合物上进行了REST2模拟.
- 与实验NOE距离限制器相比,模拟的形状组合.
- 评估的力场包括OpenFF 2.0,XFF,GAFF2和OPLS/AA.
主要成果:
- 现代力场OpenFF 2.0和XFF在预测宏循环组合方面表现良好.
- 这些现代力场的性能优于GAFF2和OPLS/AA等较旧的力场.
- 确定了所有测试的力场未能准确地重现实验数据的特定情况.
结论:
- 与现代力场相结合的 REST2 模拟经常可以产生准确的宏循环化合物组合.
- 选择合适的力场对于在宏循环药物设计中可靠的计算预测至关重要.
- 需要在力场方面取得进一步的进步,以解决预测某些宏观环形形态行为的局限性.
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