repDilPCR:通过稀释复制方法对qPCR测定进行自动分析的工具

科学领域:

• 分子生物学分子生物学
• 生物信息学是一种生物信息学.
• 基因组学就是基因组学.

背景情况:

• 定量PCR (qPCR) 实验通常需要标准曲线来准确量化.
• 稀释复制实验设计通过使用标准曲线的样本来提供效率,从而最大限度地减少反应.
• 由于缺乏专门的软件,这种高效的qPCR方法的采用受到限制.

研究的目的:

• 开发和介绍repDilPCR,这是第一个支持稀释复制qPCR方法的软件工具.
• 将稀释复制方法扩展到具有多参考基因分析能力的方法.
• 为了自动化和加快qPCR数据分析,提供准备出版的输出.

主要方法:

• 该repDilPCR工具使用稀释复制实验设计.
• 它结合了从实验样本生成标准曲线的多重线性回归.
• 该软件支持使用多个参考基因以提高准确性.

主要成果:

• repDilPCR自动化数据分析,从Cq值到图表的处理时间缩短到不到一分钟.
• 它为单因素设计提供自动选择和执行适当的统计测试.
• 该工具提供了广泛的统计和图形功能,可与预处理数据一起使用.

结论:

• repDilPCR是一个用户友好的工具,促进高效的qPCR实验规划和强大的分析.
• 它可以通过公共网络服务器免费访问,也可以作为下载的R脚本/Shiny app.
• 该软件有助于更广泛地采用高效稀释复制qPCR方法.