bcRflow:一个Nextflow管道,用于从非目标转录组数据中表征B细胞受体谱
Brent T Schlegel1, Michael Morikone1, Fangping Mu2
1Department of Pediatrics, Division of Health Informatics, University of Pittsburgh School of Medicine, UPMC Children's Hospital of Pittsburgh, John G. Rangos Sr. Research Center, 4401 Penn Avenue, Pittsburgh, PA 15224, USA.
NAR genomics and bioinformatics
|October 16, 2024
概括
bcRflow是一个新的管道,用于从标准转录组学数据中分析B细胞受体谱. 它为研究生物和临床研究中的免疫反应提供了一个可扩展和可访问的解决方案.
科学领域:
- 免疫学 免疫学 免疫学
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 计算生物学 计算生物学
背景情况:
- B细胞对于适应性免疫非常重要,产生多种不同的B细胞受体 (BCRs) 来识别外来抗原.
- 针对BCR分析的向免疫测序是昂贵的,需要特定的组织样本.
- 分析非定向的转录组学数据为BCR剧目概况提供了具有成本效益的替代方案,但缺乏标准化的管道.
研究的目的:
- 引入bcRflow,这是一个Nextflow管道,用于从非目标转录组学数据中表征B细胞受体谱.
- 提供一个全面的,可复制和可扩展的解决方案,用于免疫谱系的提取和分析.
- 为生物和临床应用促进对B细胞免疫反应的更深入的了解.
主要方法:
- 开发bcRflow,这是一个Nextflow管道,包含用于对齐,处理和可视化BCR目录的模块.
- 实现nf-core配置,在各种计算环境 (HPC,云,本地) 中增强可移植性和可访问性.
- 对来自COVID-19患者和健康对照的大量转录组样本的公共数据集进行分析,以证明管道功能.
主要成果:
- bcRflow成功地从非目标转录组学数据中对BCR目录进行了特征化.
- 该管道证明了其能够为B细胞免疫反应提供有价值的见解的能力.
- 对COVID-19患者数据的分析显示了管道在相关生物背景中的实用性.
结论:
- bcRflow简化了从非目标转录组学数据中分析BCR目录的过程.
- 该管道为研究人员提供了一个可扩展,可复制和可访问的工具.
- bcRflow增强了在生物和临床研究中研究B细胞免疫反应的研究.
