在沙门氏菌Typhi bla_TEM耐药基因的动态

科学领域:

• 微生物学与传染病的研究
• 基因组学和生物信息学
• 抗微生物耐药性 抗微生物耐药性

背景情况:

• 沙门氏菌 (S. Typhi) 是一个重要的全球病原体,负责伤寒发烧.
• 越来越多的抗生素耐药性,特别是编码TEMβ-乳酸酶的bla_TEM基因,构成了公共卫生威胁.
• 了解这些抗性基因的进化动态对于有效的控制策略至关重要.

研究的目的:

• 调查S. Typhi. 中的bla_TEM基因的遗传模式和遗传背景.
• 将bla_TEM基因的存在和传播与基因组数据,元数据和移动遗传元素联系起来.
• 阐明S. Typhi种群中bla_TEM的获取和传播机制.

主要方法:

• 分析了6079个公开可用的S. Typhi基因组序列,其中包含了bla_TEM基因 (1983-2023).
• 使用CSIPhylogeny进行了家族遗传学分析.
• 使用Flankophile.使用bla_TEM周围的遗传背景的识别.
• 使用GenoTyphi. Typhi确定S. Typhi基因型,抗生素耐药性基因 (ARG) 和等离子体复制体.

主要成果:

• 阳性S. Typhi分离物主要在亚洲和非洲发现,在特定的基因型中聚集.
• 对bla_TEM确定了13个不同的侧边区域模式,其中7个与特定的基因型,国家,ARG和等离子体有很强的关联.
• 这些侧边区域模式与移动遗传元素 (MGE) 有关,这表明它们在基因获取和传播中的作用.

结论:

• 这种bla_TEM基因似乎在有限数量的场合被S. Typhi获得.
• 随后的bla_TEM-阳性S. Typhi的传播主要是通过与特定基因型相关的克隆扩张发生的.
• 了解这些动态对于监测和打击S. Typhi.抗生素耐药性的传播至关重要.