从冬季小麦基因库集合中采集核心集合的特征定制抽样支持关联研究
Marcel O Berkner1, Yong Jiang1, Jochen C Reif1
1Breeding Research Department, Leibniz Institute of Plant Genetics and Crop Plant Research (IPK) Gatersleben, Seeland, Germany.
优化冬季小麦核心收集增强了用于育种的遗传多样性发现. 平衡基因组和表型数据的策略最大限度地提高了罕见的变异和关联研究能力.
科学领域:
- 植物遗传学 植物遗传学
- 农业科学 农业科学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 核心收藏对于访问基因库中的遗传多样性至关重要.
- 优化这些收集可以改善全基因组关联研究 (GWAS).
研究的目的:
- 评估创建特征定制冬季小麦核心集合的八种策略.
- 评估不同采样策略对遗传多样性和GWAS能力的影响.
主要方法:
- 应用了八种采样策略,对两个特征的6300个冬季小麦加入进行了采样.
- 利用基因组,表型或组合数据进行核心采集采样.
- 分析了核心收藏 (100800次加入) 的分层,重复和多样性.
- 对于协会研究的调查统计能力.
主要成果:
- 采样极端表型增加了GWAS对较小集合 (<500次加入) 的功率.
- 最大限度地提高遗传多样性,最大限度地减少了人口分层和重复在更大的收藏.
- 不同的策略显示了不同的优势,取决于大小和数据类型.
结论:
- 根据特征定制的核心集合可以针对特定的育种和研究目标进行优化.
- 策略的选择取决于可用的资源,数据和期望的结果.
- 平衡遗传多样性和表型代表性是有效核心收集设计的关键.
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