一种构成性异构体选择性化学蛋白质策略,用于全系统的蛋白质氨酸5-氧化的分析
Yi-Cheng Sin1,2, Meeyeon Park1, Timothy J Griffin1
1Department of Biochemistry, Molecular Biology and Biophysics, University of Minnesota at Twin Cities Minneapolis Minnesota USA YueChen@umn.edu jyong@umn.edu.
Chemical science
|October 18, 2024
概括
这项研究引入了一种新的化学蛋白质学方法来识别氨酸5氧化 (5-Hyl) 位点,揭示了它在蛋白质结构和基因调节中的作用. 该方法确定了1600多个5-Hyl位点,包括基因组,并发现了影响细胞通路的JMJD6拼接变体.
科学领域:
- 生物化学 生物化学
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
背景情况:
- 氨酸5化 (5-Hyl) 是一种影响细胞功能的关键蛋白质修饰.
- 量化5-Hyl目标是具有挑战性的,因为化学特性和异构体差异化的困难.
研究的目的:
- 开发一个高效的化学蛋白质工作流程,用于5-Hyl站点丰富和配置.
- 研究5-Hyl在细胞过程中的功能意义及其通过JMJD6.6的调节.
主要方法:
- 开发一种基于化学的选择性周期性蛋白质组工作流.
- 内生5-Hyl基质的亲和度丰富和异构体特异性分析.
- 对JMJD6介导的5-Hyl蛋白质进行定量蛋白质组分析和鉴定.
主要成果:
- 在人类细胞中的630种蛋白质上识别了1600多个5-Hyl位点.
- 基因组H2B和H1被确定为5-Hyl表观遗传标记的主要标.
- 发现了两种与癌症相关的JMJD6拼接异型,以不同的途径调节5-Hyl蛋白.
结论:
- 开发的工作流允许对5-Hyl站点进行高效和具体的分析.
- 5-Hyl在蛋白质结构,转录和染色质调节中起着重要的作用.
- JMJD6的替代拼接会影响不同的细胞通路,影响转录的调节和发育.
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