对正常和恶性B细胞单细胞转录组分析
Antony B Holmes1, Clarissa Corinaldesi1, Katia Basso2
1Institute for Cancer Genetics, Columbia University, New York, NY, USA.
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
|October 18, 2024
概括
单细胞转录组学分析单个细胞中的基因表达,揭示细胞类型和状态. 这项研究将基因表达与B细胞的免疫谱的分析结合在一起,有助于克隆型进化和瘤克隆检测.
科学领域:
- 免疫学 免疫学 免疫学
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 大量分析平均基因表达,掩盖细胞异质性.
- 单细胞 (sc) 转录组学为单个细胞类型和状态提供了高分辨率的洞察力.
- 存在多种不同的sc转录技术,每个都有独特的协议.
研究的目的:
- 分析正常和恶性成熟B细胞使用10×基因组学5'sc基因表达.
- 整合基因表达数据与B细胞免疫谱的分析.
- 提供一个全面的指南,用于实验协议和数据分析使用流行的 sc 软件工具.
主要方法:
- 10× 基因组学 5' sc-基因表达概况.
- B细胞免疫谱的概况.
- 生物信息分析整合了基因表达和目录数据.
主要成果:
- 为不同的细胞群体重建完整的转录组.
- 鉴定表达的免疫球蛋白基因用于克隆型分析.
- 检测共享相同B细胞受体序列的瘤克隆.
结论:
- 集成的sc转录组学和免疫谱的分析提升了B细胞分析.
- 这种方法促进了克隆型进化的研究和恶性细胞检测.
- 本章为使用sc分析工具的研究人员提供了实际指导.


