2013年之前五种大肠杆菌序列类型 (ST) 1193菌株的完整基因组序列揭示了对新兴病原体的洞察力

科学领域:

• 微生物学 微生物学
• 基因组学就是基因组学.
• 传染性疾病 传染性疾病

背景情况:

• 抗诺的*大肠杆菌*序列类型 (ST) 1193是一种新兴的全球性病原体.
• ST1193与严重感染有关,在人类,动物和环境中发现.
• 对于ST1193存在有限的基因组数据,特别是来自澳大利亚的.

研究的目的:

• 为来自澳大利亚的ST1193提供新的基因组资源.
• 调查ST1193.3中多药耐药性和尿病原性遗传基础.
• 分析ST1193.3中囊类型变异背后的遗传机制.

主要方法:

• 五个澳大利亚ST1193菌株的全基因组测序使用牛津纳米孔技术和Illumina.
• 在基因定型和抗生素耐药性基因鉴定.
• *体外*抗生素敏感性测试和表型囊分析.

主要成果:

• 从澳大利亚生成了五个完整的ST1193基因组,包括最早的K5囊菌株 (2007年).
• 所有测序的菌株都表现出多种药物耐药性,包括对诺基诺和素的耐药性.
• 在一个与扩展耐药性相关的菌株中,TEM-1B基因的独特放大.
• 基因分析证实了囊部位 (K5/K1) 的变异,并确定了相关的遗传元素.

结论:

• 这项研究为澳大利亚ST1193菌株提供了关键的基因组数据,有助于未来的研究.
• 进一步阐明了导致ST1193耐药性和毒性的遗传机制.
• 了解ST1193的基因组多样性是解决其全球快速扩张的关键.