16S rRNA基因序列分析的选择影响了乳制品加工环境中高度可变的表面微生物群的表征
Sarah E Daly1, Jingzhang Feng1, Devin Daeschel1
1Department of Food Science, Cornell University, Ithaca, New York, USA.
mSystems
|October 21, 2024
概括
生物信息工作流显著影响乳制品表面微生物群的16SrRNA分析. 推使用操作分类单元 (OTU) 方法与稀释,以准确地描述低密度环境数据.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 食品安全 食品安全
背景情况:
- 准确地描述食品加工表面上的微生物群落对于食品质量和安全至关重要.
- 16S rRNA amplicon测序是一种拟议的环境监测培养独立方法,但生物信息学分析缺乏标准化.
- 乳制品设施中的环境表面微生物群在密度和多样性上表现出很大的差异.
研究的目的:
- 评估来自乳制品加工环境的16S rRNA基因序列的不同生物信息工作流程产生的分类学组成和多样性指标的差异.
- 为了比较 amplicon 序列变量 (ASV) 和运行分类学单位 (OTU) 方法的性能,以及中心的日志比率转换和稀释.
主要方法:
- 使用八种不同的生物信息工作流程,分析来自乳制品表面微生物群的16S rRNA基因序列.
- 分类学组成,阿尔法多样性 (香农指数) 和β多样性的比较.
- 评估ASV与OTU方法的影响,以及中心日志比率转换与稀化.
主要成果:
- 微生物群密度和香农α多样性在环境表面上有显著差异.
- 生物信息工作流的选择影响了低丰度属的表征和识别的属的总数.
- 与OTU方法和稀释相比,ASV方法和中心日志比率转换分别膨胀了多样性值.
结论:
- 对于稀疏,不均,低密度的表面微生物群数据,OTU方法与稀疏结合提供了更可靠的分类学和生态表征.
- 标准化生物信息分析对于在食品加工环境中准确解释16S rRNA测序数据至关重要.
- 本研究为乳制品环境微生物群研究选择合适的16S rRNA分析程序提供了指导.
