发展小鼠大脑的共同坐标框架
Fae N Kronman1, Josephine K Liwang1, Rebecca Betty1
1Department of Neural and Behavioral Sciences, College of Medicine, The Pennsylvania State University, Hershey, PA, USA.
Nature communications
|October 21, 2024
概括
一个新的3D发育共同坐标框架 (DevCCF) 为研究小鼠大脑发育提供了至关重要的资源. 这一框架使得多项研究数据的整合能够促进我们对神经发育过程的理解.
科学领域:
- 神经科学是一个神经科学.
- 发展生物学 发展生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 3D大脑地图对于理解大脑组织和数据互操作性至关重要.
- 缺少用于发育中的小鼠大脑的3D参考图集,阻碍了对大脑发育的研究.
研究的目的:
- 为老鼠大脑在多个发育阶段呈现一个3D发育共同坐标框架 (DevCCF).
- 为整合各种神经发育数据集提供可访问的资源.
主要方法:
- 使用磁共振成像和光板光显微镜创建没有扭曲的,形态平均的地图模板.
- 开发一个3D发育共同坐标框架 (DevCCF),涵盖胚胎日 (E) 11.5至产后日 (P) 56.
- 协同注册地图表模板和3D解剖细分.
主要成果:
- 该DevCCF包括E11.5,E13.5,E15.5,E18.5,P4,P14和P56的地图模板.
- 一个交互式3D网络可视化器和可下载数据可用于DevCCF.
- 使用DevCCF研究GABAergic神经元的出现,并将现有的数据集 (Allen CCFv3,空间转录组数据) 映射到P56地图上.
结论:
- DevCCF是一个公开可访问的资源,它促进了多项研究数据的整合.
- 这个框架通过提供标准化的空间参考来促进对小鼠大脑发育的理解.
- 该DevCCF支持研究神经发育轨迹和细胞类型分布.
