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Updated: May 1, 2026
10:24
Next-generation Sequencing of 16S Ribosomal RNA Gene Amplicons
Published on: August 29, 2014
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为口腔微生物群进行最佳的16S rRNA基因增量序列分析,以避免通过修剪长度,原料和数据库引入的潜在偏差
Takahiko Nagai1, Takahiko Shiba1, Keiji Komatsu2
1Department of Periodontology, Graduate School of Medical and Dental Sciences, Tokyo Medical and Dental University, Tokyo, Japan.
Microbiology spectrum
|October 22, 2024
概括
这项研究确定了最佳的16S rRNA基因测序条件,以尽量减少细菌社区分析中的偏差. 最好的方法是使用300bp配对末端测序与特定的原始区域和数据库来准确地分析口腔微生物群.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 16S rRNA基因扩增序列测序对于细菌社区分析至关重要.
- 实验和分析偏差可以显著改变估计的细菌组成.
- 优化测序参数对于准确的微生物组分析至关重要.
研究的目的:
- 确定最大限度地减少16S rRNA基因片序列的偏差的最佳条件.
- 为了确定最好的DNA样本,修剪长度,原料和数据库进行准确的分析.
- 建立可靠的口腔微生物组研究方法.
主要方法:
- 使用已知细菌组成的模拟社区 (mock1和mock2).
- 测试了各种配对末端 (PE) 测序长度 (250 bp, 300 bp).
- 评估了不同的原料区域 (V1-V2,V3,V3-V4,V4,V5-V6) 和数据库 (Greengenes2,SILVA,HOMD).
- 分析了使用300bpPE测序的牙结石样本.
主要成果:
- 对于mock1,Greengenes2与V3 (属级) 和V5-V6 (物种级) 显示出与理论值的最大相似性.
- 对于模拟2,V3-V4,V4和V5-V6区域,SILVA,Greengenes2和HOMD在属级别上表现最好.
- 在mock2的物种层面上,V3-V4和V4与Greengenes2,以及V1-V2与HOMD显示出最高的对齐.
- 牙结石分析显示,V1-V2和HOMD的Shannon指数较高.
- 确定了最佳条件:使用V3-V4或V4/Greengenes2和V1-V2/HOMD的300bpPE.
结论:
- 300 bpPE测序,特定的原始区域 (V3-V4或V4与Greengenes2;V1-V2与HOMD),以及适当的数据库的组合将口腔微生物组分析中的偏差降到最低.
- 这些发现为在各种环境中准确测序微生物群提供了关键的方法指导.
- 这项研究使用优化方法对现代日本牙科微积分进行了新的分析.
