单独的Candida albicans含有频繁的异合体结构变异体和可转移的元素在基因和中间体内
Ursula Oggenfuss1, Robert T Todd1,2, Natthapon Soisangwan1
1Department of Microbiology and Immunology, University of Minnesota, Minneapolis, Minnesota 55455, USA.
在真菌病原体Candida albicans中,结构变异 (SV) 和可移植元素 (TE) 是常见的. 这些基因组变化,特别是在中间体附近,对临床隔离物中的遗传变异和进化作出了重大贡献.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 菌类学 菌类学是指菌类学.
- 进化生物学 进化生物学
背景情况:
- *Candida albicans是一种主要的人类真菌病原体,对显著的死亡率和抗真菌耐药性负责.
- *作为一种具有无性繁殖的异构双体体,C. albicans依赖于基因组重组,如结构变异 (SVs) 来实现变异.
- *可移植元素 (TEs) 是可移动的遗传序列,可以促进基因组的不稳定性和进化.
研究的目的:
- * 在C. albicans的各种临床分离物中全面调查SV和TE的风景.
- * 了解SV和TE对基因表达和物种内遗传多样性的影响.
- * 探索SVs在C. albicans中中心体进化的作用.
主要方法:
- * 对三种与远距离相关的C. albicans临床分离物进行了长读测序.
- * 进行了全基因组 SV 分析,并详细描述了 TE 组成,位置和多样性.
- * 选了额外的100个临床隔离物,以检测特定的中心体SVs.
主要成果:
- * 确定了SV和TE在编码序列附近频繁的同时发生,通常在异合体状态下,这表明潜在的调节作用.
- * 证明大多数SV是孤立特异性的,突出了它们对物种内遗传变异的贡献.
- * 在临床分离物中发现了广泛的,通常是异构体的,SVs在4号和5号染色体的中间体上,表明活跃的中间体进化.
结论:
- * SVs和TE在各种临床C. albicans分离物中普遍存在,这对其遗传变异性有很大影响.
- *C. albicans的中间体是基因组重组的热点,SV在它们的进化中发挥着关键作用.
- *这些发现强调了SV和TE在这种机会性真菌病原体的适应和演变中的重要性.
更多相关视频
08:45Whole Genome Sequencing of Candida glabrata for Detection of Markers of Antifungal Drug Resistance
Published on: December 28, 2017
07:48Genome-wide Profiling of Transcription Factor-DNA Binding Interactions in Candida albicans: A Comprehensive CUT&RUN Method and Data Analysis Workflow
Published on: April 1, 2022
相关概念视频
Overview of Transposition and Recombination
Comparing Copy Number Variations and SNPs
Copy number variations or CNVs are the structural variations that cover more than 1kb of DNA sequence. The single nucleotide polymorphism (SNP), on the other hand, is a single nucleotide change or a point mutation that is found in more than 1%...
Non-LTR Retrotransposons
Cis-regulatory Sequences
LTR Retrotransposons
The internal coding region of LTR retrotransposons and their mechanism of transposition closely resembles a...
Conservative Site-specific Recombination and Phase Variation
The recognition sites for Cre recombinase called LoxP...
