识别RP1 Alu插入中的诊断挑战以及克服这些挑战的策略
Mi-Ae Jang1, Jong Kwon Lee1, Jong-Ho Park2
1Department of Laboratory Medicine and Genetics, Samsung Medical Center, Sungkyunkwan University School of Medicine, Seoul, Korea.
Scientific reports
|October 25, 2024
概括
在RP1基因中插入了一种新的AluY插入,与遗传性视网膜疾病 (IRD) 有关. 这项研究确定了其载体频率,并突出了克服诊断挑战的方法,以实现精确的基因检测.
科学领域:
- 遗传学 遗传学 是一个
- 眼科医生 眼科 眼科
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 在日本和韩国患有遗传视网膜疾病 (IRD) 的患者中,已经确定了RP1基因中的创始人ALU插入.
- 与这种AluY插入相关的载体频率和诊断挑战在很大程度上仍然没有特征.
研究的目的:
- 为了确定在有或没有IRD的个体中AluY插入的频率.
- 识别和解决与检测AluY插入相关的诊断陷.
主要方法:
- 使用向面板测序和全基因组测序对1072名受试者 (411名IRD患者,661名非IRD对照) 进行AluY插入的查.
- 使用优化异位基特异性PCR (AS-PCR) 验证AluY插入检测.
主要成果:
- 在IRD组 (6/411) 的1.5%中检测到AluY插入,但在非IRD组 (0/661) 中没有检测到.
- 所有检测到的AluY插入都是患有RP1致病变体的患者在另一个等位基因上.
- 在桑格测序中,AluY基因脱落被确定为c.4196del变异的虚假同性原因.
结论:
- AluY插入是RP1中与IRDs相关的病原变体.
- 优化的AS-PCR精确确定了等位基因关系,克服了诸如等位基因脱落等诊断挑战.
- 对于IRD患者来说,准确的分子诊断需要了解AluY插入以及减轻检测陷的策略.


