对比基因组学和转录基因组学揭示了Fusarium oxysporum f.sp.种族之间的效应补充和表达的差异. 哺乳动物 (lactucae) 是一个类型

科学领域:

• 植物病理学 植物病理学
• 菌类学 菌类学是指菌类学.
• 基因组学就是基因组学.

背景情况:

• 沙拉的Fusarium枯是由Fusarium oxysporum f. sp.引起的 牛乳 (Fola) 牛乳 (Fola) 牛乳 (Fola) 牛乳 (Fola) 牛乳 (Fola) 牛乳 (Fola) 牛乳 (Fola) 牛乳 (Fola) 牛乳 (Fola)
• 了解Fola的遗传构成对于疾病管理至关重要.

研究的目的:

• 为首次对Fola进行基因组和转录组分析.
• 识别和比较效应基因,特别是Xylem (SIX) 中分泌的基因,在Fola种族和其他Fusarium oxysporum formae特殊物种之间.
• 为了研究Fola race 4 (Fola4) 变种的遗传基础.

主要方法:

• 长时间读取Fola种族1 (Fola1) 和Fola4分离物的基因组测序.
• 生物信息分析使用 mimp 进行效应体识别.
• 感染的RNA测序 (RNAseq) 用于分析基因表达.
• 比较基因组学和转录基因组学.

主要成果:

• 在Fola1和Fola4之间,以及与其他F. oxysporum ff.相比,在假定效应器基因补充中发现了关键差异. 这就是SPP.
• 在Fola中发现了SIX基因的同类,在两种种族中都存在SIX9和SIX14. 叶片4分离物也具有SIX8.8的特征.
• RNAseq揭示了Fola4中某些作用因子的高表达,包括SIX8和SIX9. 发现Fola1中的SIX14副本被可转移的元素破坏.
• 确定了两个Fola4变体,在SIX8序列变体,共享促进体使用 (PSE1/PSL1) 和电子介导染色体转位 (HCT) 证据上有所不同.

结论:

• 基因组和转录组分析提供了关于福拉病原性和种族差异化的见解.
• 六个基因在Fola毒性中起着重要作用,其中的变异有助于种族特异性差异.
• 可转移的元素和子似乎驱动了Fola的基因组进化和基因表达,有助于变种的形成.