使用全基因组测序分析巴基斯坦废水中的细菌的抗生素耐药性
Fazal Sattar1,2, Xiao Hu2, Anugrah Saxena2
1National Institute for Biotechnology and Genetic Engineering College, Pakistan Institute of Engineering and Applied Sciences (NIBGE-C, PIEAS), Faisalabad 38000, Punjab, Pakistan.
巴基斯坦的废水具有显著的抗生素耐药性,许多细菌对卡巴类药物等关键药物有抗性. 这凸显了对控制抗生素耐药细菌的综合健康战略的迫切需要.
科学领域:
- 环境微生物学环境微生物学
- 分子生物学分子生物学
- 公共卫生 公共卫生
背景情况:
- 废水作为抗生素耐药细菌 (ARB) 和抗生素耐药基因 (ARG) 的储存库.
- 废水中存在的抗卡巴胺细菌 (CRB) 对公众健康构成重大风险.
研究的目的:
- 调查巴基斯坦废水中的细菌分离物中的抗生素耐药性模式.
- 为了识别特定的抗生素耐药性基因 (ARG),等离子体复制品和整合子基因录音带.
主要方法:
- 在32种细菌分离物上进行表型抗生素敏感性测试.
- 全基因组测序 (Illumina和牛津纳米孔) 以确定ARG和遗传元素.
- 分析了18种大肠杆菌,4种肺炎菌和10种其他细菌分离物.
主要成果:
- 观察到高耐药率:91%对塞福他xime,75%对西普罗夫洛克萨辛,62.5%对伊米佩内姆.
- *大肠杆菌*分离体对头素 (100%) 和碳烯 (72%) 呈现出高耐药性.
- 鉴定了卡巴酶 (blaNDM-5,blaOXA-181),ESBL (blaCTX-M-15) 和关键突变 (pmrB_Y358N,ftsI) 的发现.
结论:
- 巴基斯坦的废水是携带临床重要ARG的高风险病原体的重要来源.
- 该研究发现了新的大肠杆菌菌株和全球传播的ARG.
- 一个健康的方法对于解决ARB的环境传播至关重要.
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