使用QuPath和R进行人类多重瘤组织全幻灯片图像分析的协议

科学领域:

• 细胞和分子生物学 细胞和分子生物学
• 生物技术是生物技术.
• 计算生物学 计算生物学

背景情况:

• 了解组织内细胞的空间组织对于破译生理和病理过程至关重要.
• 阐明治疗作用机制需要详细分析细胞微环境.
• 基于图像的空间蛋白质组学为研究组织架构提供了一种强大的方法.

研究的目的:

• 为分析基于图像的空间蛋白质组学数据提供一个全面的协议.
• 用人类多重瘤组织的全幻灯片图像来演示该协议的应用.
• 为细胞相互作用和组织组织的详细空间分析提供框架.

主要方法:

• 整个幻灯片图像的细胞细分.
• 基于蛋白质表达的细胞表型.
• 细胞间距离的计算.
• 空间蛋白质组学数据的数据可视化技术.
• 使用PhenoCycler-Fusion 2.0平台进行数据采集.

主要成果:

• 该协议能够对瘤组织中的细胞空间组织进行详细分析.
• 实现了细胞表型及其空间关系的量化.
• 细胞间距离为组织结构和细胞间相互作用提供了洞察力.
• 可视化突出空间模式和细胞社区.

结论:

• 本方案有效用于分析基于图像的空间蛋白质组学数据.
• 这种方法增强了对像瘤这样复杂组织中的细胞组织的理解.
• 该协议通过空间分析促进了对疾病机制和治疗干预措施的研究.