快速QC-MS:同步质谱数据采集质量控制的交互式仪表板

科学领域:

• 分析化学 分析化学
• 生物技术是生物技术.
• 数据科学数据科学数据科学

背景情况:

• 高通量非定位液体染色学-合双重质谱 (LC-MS/MS) 工作流对于生物研究至关重要.
• 手动质量控制 (QC) 的LC-MS/MS数据,包括分析标准的评估,是一个重要的瓶,消耗大量的时间和资源.
• 现有的实时数据质量评估方法往往效率低下,容易出现不准确性.

研究的目的:

• 开发一个自动化和交互式仪表板,快速QC-MS,以有效评估LC-MS/MS数据质量.
• 为了简化评估分析控制和识别高通量LC-MS/MS实验中的低完整性标本的过程.
• 为研究人员提供一个用户友好的工具,用于近实时监测仪器性能和数据完整性.

主要方法:

• 开发一个开源的交互式仪表板 (Rapid QC-MS),使用Python库和已有的MS分析软件.
• 集成自动化质量控制指标,包括仪器灵敏度,保留时间转移和质量精度偏移.
• 实现本地数据处理与可选的远程同步 (Google Drive) 和通过消息应用程序进行半自动提醒.

主要成果:

• 快速QC-MS在数据文件生成几分钟后提供近实时,浏览器可查看的质量控制结果.
• 仪表板提供交互式可视化,以检测各种时间尺度的性能指标中的急性偏差和逐渐偏移.
• 该系统成功地与Thermo Orbitrap工作流程集成,为各种LC-MS/MS应用提供可配置和适应的解决方案.

结论:

• 快速的QC-MS显著减少了手动数据策划所需的时间和精力,在非目标的LC-MS/MS工作流中.
• 自动化质量控制系统提高了数据完整性评估的准确性和可靠性.
• 快速QC-MS提供了一个快速,简单,开源的解决方案,用于收集高质量的非定向LC-MS/MS数据.