多态学分析揭示了便样本物流对代谢物和微生物组成的影响
Jannike L Krause1, Beatrice Engelmann2, David J D Lallinger1
1German Rheumatism Research Center Berlin, A Leibniz Institute-DRFZ, Schwiete Laboratory for Microbiota and Inflammation, 10117 Berlin, Germany.
Microorganisms
|October 26, 2024
概括
便样本的立即结对于在多组学研究中保持人类微生物群的完整性至关重要. 这种方法尽量减少运输和储存的偏差,确保可靠的临床和研究结果.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 人类健康 人类健康 人类健康
- 临床研究 临床研究
背景情况:
- 人类微生物组在健康中起着至关重要的作用,使其在临床研究中发挥重要作用.
- 便样本采集,运输和储存方法可以引入重大偏差,影响大规模的队列研究.
研究的目的:
- 评估各种储存条件对人类肠道微生物群的结构和功能完整性的影响.
- 确定在临床研究中进行多omics分析的最佳样本处理协议.
主要方法:
- 利用了四个Omics层:16S rRNA测序,细胞计微生物群概况,短链脂肪酸 (SCFA) 分析和全球代谢学.
- 研究的储存条件包括-20°C,-20°C含甘油,4°C和室温 (有/没有氧气) 最长一周.
- 评估储存效应的供体依赖性.
主要成果:
- 微生物群完整性受到所有Omics级别的存储时间的影响,有显著的供体依赖变化.
- 氧气暴露对所有测量参数的影响微不足道.
- 在环境温度下,SCFA和组成配置文件保持稳定,分别为24h和48h. 在4°C时,SCFA概况稳定48小时.
- 在非冷条件下,全球代谢组完整性在24小时内受到损害.
结论:
- 在24小时内立即结本地便样本是维护微生物群完整性的最佳方法.
- 这种方法最大限度地减少了偏见,特别是在结合代谢学研究的研究中,确保了更准确和可靠的研究结果.


