高通量测序方法用于在入境后隔离期间检测两种草病毒
Luciano Nunes-Leite1, Lia W Liefting1, David W Waite1
1Plant Health and Environment Laboratory, Ministry for Primary Industries, P.O. Box 2095, Auckland 1140, New Zealand.
Viruses
|October 26, 2024
概括
高通量测序 (HTS) 提供了植物病毒的敏感,菌株通用检测,与定量PCR相似. 这项研究验证了RNAseq和片片PCR (TA-PCR) 用于检测进口生殖质中的病毒.
科学领域:
- 植物病理学 植物病理学
- 分子生物学分子生物学
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 进口植物生殖质需要强大的病原体检测方法.
- 高通量测序 (HTS) 为广泛的病原体识别提供了潜力.
- 现有的基于PCR的测定方法往往缺乏菌株通用检测能力.
研究的目的:
- 评估甲基转录组学 (RNAseq) 和片片PCR (TA-PCR) 作为检测低位数植物病毒的HTS技术.
- 为了比较RNAseq和TA-PCR与定量PCR (qPCR) 的灵敏度和有效性.
- 为灵活和全面的植物病毒检测建立HTS协议.
主要方法:
- RNAseq是在受草斑病毒 (SMoV) 和草静脉带状病毒 (SVBV) 感染的植物的核糖体RNA贫乏样本上进行的.
- 定制的TA-PCR原料板被设计用于SMoV和SVBV检测.
- 通过将HTS结果与低病毒标位的qPCR测定进行比较来评估灵敏度.
主要成果:
- RNAseq获得了类似PCR的灵敏度,检测到只有10个病毒拷贝/μL,并进行了600万次对结读.
- TA-PCR成功地恢复了病毒基因组的很大一部分,检测出大约10个病毒拷贝/μL的病毒,最低500bp的序列恢复.
- RNAseq和TA-PCR的检测极限与qPCR的检测极限相似.
结论:
- HTS方法,特别是RNAseq和TA-PCR,在低度检测植物病毒时是有效的.
- 这些HTS技术提供了菌株通用检测,增强了超越传统PCR的能力.
- 这项研究为开发更灵活,更敏感的基于HTS的植物病毒诊断提供了基础.
