激活诱导的标记体检测用于识别和分离HCV特异性T细胞,用于单细胞RNA-Seq分析
Mohamed Eisa1, Nicol Flores1,2, Omar Khedr1
1Centre de Recherche du Centre Hospitalier de l'Université de Montréal (CRCHUM), Tour Viger, Local R09.414, 900 rue St-Denis, Montréal, QC H2X 0A9, Canada.
Viruses
|October 26, 2024
概括
这项研究引入了一种新的激活诱导标记 (AIM) 试验,用于敏感检测C型肝炎病毒 (HCV) 特定的T细胞. 该AIM试验可进行分类和单细胞RNA测序,揭示T细胞概况和T细胞受体使用情况,用于免疫学研究.
科学领域:
- 免疫学 免疫学 免疫学
- 病毒学 病毒学
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 鉴定抗原特异性T细胞对于免疫学研究至关重要.
- 传统的方法,如MHC多元仪,在表位和MHC匹配方面存在局限性.
- 激活诱导标记 (AIM) 为检测罕见的T细胞提供了一个敏感的替代方案.
研究的目的:
- 开发和验证一种用于检测,分类和执行单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 的AIM试验,用于C型肝炎病毒 (HCV) 特定的T细胞.
- 在HCV刺激后,对CD4和CD8T细胞AIMs的表达动力学的特征.
- 分析AIM排序的T细胞的基因表达和T细胞受体 (TCR) 使用情况.
主要方法:
- 开发了一种AIM试验,使用CD69,CD40L,OX40和4-1BB激活标记物的组合.
- 刺激的T细胞与HCV池以及在不同时间点 (6,9,18,24小时) 分析的标记物表达.
- 使用光激活细胞分类 (FACS) 对AIM阳性 (AIM+) CD4和CD8T细胞进行分类,用于随后的scRNA-seq和TCR分析.
主要成果:
- AIM+ CD4 T细胞显示CD69和CD40L的早期上调 (6小时),而OX40和4-1BB的表达较晚 (18小时).
- 18小时AIM+ CD8 T细胞显示CD69和4-1BB的联合表达,CD40L和OX40的表达最小.
- scRNA-seq揭示了AIM+ CD4 T细胞作为Tfh,Th1和Th17,以及AIM+ CD8 T细胞作为效应器和效应器记忆.
- 在TCR分析中,分别在AIM+ CD4和CD8T细胞中发现了1023个和160个独特的克隆类型.
结论:
- 开发的AIM试验提供了一种高度敏感的方法来检测HCV特异性T细胞.
- 这种方法促进下游scRNA-seq和TCR分析,使T细胞反应的详细表征成为可能.
- AIM测定适用于队列研究,用于识别与HCV感染结果和接种疫苗反应相关的基因特征.
