使用纳米孔序列测序,准确的产前诊断的面额骨肌肉缩1使用纳米孔序列测序

科学领域:

• 基因组学和遗传疾病
• 分子诊断学 分子诊断学
• 生殖医学 生殖医学

背景情况:

• 面肌缩1 (FSHD1) 是一种自体主导性疾病,与染色体4q35.5上的D4Z4重复阵列改变有关.
• 目前对FSHD1的产前诊断因D4Z4位点的复杂性和重复性而复杂.
• 光学基因组映射在一个孕妇中发现了FSHD1,她正在寻求对胎儿进行产前遗传评估.

研究的目的:

• 评估纳米孔序列测试在产前诊断的功能骨肌缩病1 (FSHD1) 的实用性.
• 为了确定胎儿在孕期的遗传状况,而孕妇的FSHD1诊断使妊娠复杂化.
• 建立一种新的方法,用于在具有挑战性基因组结构的单一性疾病中进行准确的基因测试.

主要方法:

• 怀孕17周进行了乳液化,随后从乳液细胞中提取基因组DNA (gDNA).
• 在使用纳米孔MinION平台的提取的gDNA上进行了全基因组测序.
• 对测序数据的生物信息分析和基于SNP的链接分析被用于遗传评估和验证.

主要成果:

• 纳米孔测序,即使在较低的深度 (7.3×),也准确地确定了D4Z4重复单元和单元型的胎儿遗传.
• 胎儿从母亲那里继承了4个D4Z4重复单元,其中有允许的4qA等位基因,从父亲那里继承了8个非允许的4qB等位基因.
• 基于SNP的链接分析证实,胎儿继承了母亲的致病性单双型,与纳米孔序列测序的发现一致.

结论:

• 纳米孔测序提供了一种精确和直接的方法,用于单核酸水平的基因测试,用于FSHD1.1.等单基因疾病.
• 这项研究证明了纳米孔测序用于FSHD1.1产前诊断的首次成功应用.
• 这种方法为产前遗传测试提供了显著的优势,特别是对于涉及新突变的病例.