双方法同表达分析框架 (D-CAF) 能够从多欧米时间序列数据中识别新的心脏调节
Joshua Chuah1,2, Carmalena Cordi3, Juergen Hahn2,4
1Department of Electrical, Computer, and Biomedical Engineering, Union College, 807 Union St, 12308, NY, USA,.
bioRxiv : the preprint server for biology
|October 28, 2024
概括
一个新的框架,D-CAF,整合了转录和蛋白质数据,揭示了对免疫反应的昼夜控制. 该工具增强了对生物系统中分子定时机制的理解.
科学领域:
- 时间生物学 时间生物学
- 系统生物学 系统生物学
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 昼夜时钟调节基因和蛋白质表达,称为时钟控制的基因/蛋白质 (CCGs/CCPs),用于分子计时.
- 昼夜数据的多原子建模受到方法学挑战的限制,阻碍了对昼夜控制的全面理解.
研究的目的:
- 开发一个新的计算框架,D-CAF,用于对时间序列的转录和蛋白质组数据进行强大的协同表达分析.
- 应用D-CAF来识别新的昼夜调节途径,特别是免疫反应.
主要方法:
- 开发了一种双方方法的同表达分析框架 (D-CAF) 用于扰动强度分析.
- 应用D-CAF来分析来自小鼠巨细胞的现有昼夜时间序列的转录和蛋白质数据.
- 在D-CAF框架内使用了未加权和加权的相似性网络.
主要成果:
- 使用D-CAF识别出不同的振荡转录和蛋白质集群,根据网络权重不同,其意义不同.
- 功能丰富分析揭示了循环节调节下的新型免疫路径.
- 证明了D-CAF集成多原子数据以进行昼夜分析的能力.
结论:
- D-CAF是整合多原子昼夜数据的有效工具,克服了以前的方法限制.
- 该研究发现了新的昼夜控制的免疫路径,扩大了对免疫力分子定时的理解.
- 这种框架可以通过对分子过程调节进行更深入的洞察,推进昼夜研究.
