全扫描MS数据的结构注释:为LC-MS和MS成像分析提供统一的解决方案
Shipei Xing1,2, Vincent Charron-Lamoureux1,2, Måns Ekelöf3
1Skaggs School of Pharmacy and Pharmaceutical Sciences, University of California San Diego, La Jolla, CA, USA.
一个新的Python包,ms1-id,允许对非目标代谢学数据进行结构性注释. 这有助于重复使用有价值的MS1-only质谱数据,以获得更深入的生物学见解.
科学领域:
- 代谢学 代谢学 代谢学
- 质谱测量质量谱测量
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 公共质谱数据库存储数以百万计的文件,其中超过40%仅为MS1数据.
- 仅对MS1数据的有限注释能力阻碍了数据的重复使用和潜在的生物发现.
研究的目的:
- 介绍ms1-id,一个开源的Python包,用于全扫描质谱数据的结构注释.
- 为了使仅MS1数据的重复使用为增强的代谢学研究.
主要方法:
- 利用源中碎片通过相关性分析生成伪MS/MS光谱.
- 使用前体耐受性的反向光谱匹配和峰值强度缩放.
- 适用于液体染色学-质谱学 (LC-MS) 和MS成像分析.
主要成果:
- 成功应用于炎症性肠病队列和各种多发性硬化成像样本.
- 发现以前在传统分析中被忽视的代谢物.
- 仅支持MS1数据的2/3级结构注释.
结论:
- ms1-id包提供了一个统一的解决方案,用于全扫描MS数据的结构注释.
- 这一策略显著提高了现有的代谢学存储库的数据再利用潜力.
- 从以前未充分利用的MS1-only质谱数据提供新的生物学见解.
更多相关视频
08:16Optimal Preparation of Formalin Fixed Samples for Peptide Based Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization Mass Spectrometry Imaging Workflows
Published on: January 16, 2018
08:14Sample Preparation Strategies for Mass Spectrometry Imaging of 3D Cell Culture Models
Published on: December 5, 2014
相关概念视频
Mass Spectrometry: Complex Analysis
GC–MS is a powerful hyphenated method commonly used in forensics and environmental...
Mass Spectrometry: Overview
Peptide Identification Using Tandem Mass Spectrometry
This technique helps gather information regarding the protein from which the peptide was obtained and to study the peptides’ amino acid sequence. Identifying peptides from a complex mixture is an important component of the growing field of...
Mass Spectrometers
Mass Spectrum: Interpretation
To...
Mass Spectrometry: Carboxylic Acid, Ester, and Amide Fragmentation
For example,...
