通过抗体看到或相信超复杂的空间蛋白质组:基于图像的技术的新旧偏见

科学领域:

• 蛋白质组学是指蛋白质组学.
• 细胞生物学 细胞生物学
• 免疫组织化学 免疫组织化学

背景情况:

• 超复杂的现场向蛋白质组 (>15标记) 正在彻底改变细胞和组织的分类.
• 与其他高维单细胞分析不同,它严重依赖于人类图像评估进行细分,值,验证和染.
• 既定方法可能会引入偏见,因为人类视觉感知在这种情况下的局限性.

研究的目的:

• 重新评估超复杂蛋白质组学的所有程序步骤.
• 在图像分析中评估人类视觉歧视的局限性.
• 介绍和评估BRAQUE,一个用于从低信号对噪声标记器中提取颗粒信息的工具.

主要方法:

• 在超复杂蛋白质组学中对人类图像分析步骤的重新评估.
• 评估人类眼睛的灰度和亮度区分能力.
• 将BRAQUE工具应用于公开的人类淋巴结数据集.
• 对抗体染色结果进行分析,以确定特异性.

主要成果:

• 人类眼睛在分辨灰度 (<64/256) 和组织学图像中的亮度的能力有限.
• BRAQUE成功地从传统染中看不见的低信号噪音比率标记器中提取了标记器无关的信息.
• 分析揭示了经过验证的抗体的不可预测的染色结果,质疑了当前对抗体特异性的定义.

结论:

• 在超复杂蛋白质组学中,人类视觉评估是有限的,并且可能具有偏见.
• BRAQUE提供了一种方法来克服视觉限制,并提取更深层次的生物学见解.
• 有必要重新定义抗体特异性标准,以进行超复杂免疫染色.