在罗塞尔 (Hibiscus sabdariffa L.) 中,对九个并列重复蛋白家族的转录组范围的识别

科学领域:

• 植物分子生物学 植物分子生物学
• 基因组学就是基因组学.
• 生物信息学是一种生物信息学.

背景情况:

• 含有并列重复 (TR) 的蛋白质在植物中很丰富.
• 假设TRs可以增强植物在环境压力下适应和生存.

研究的目的:

• 为了识别和表征罗塞尔 (Hibiscus sabdariffa L.) 中的并列重复,转录组.
• 探索这些重复在植物适应和应激反应中的潜在作用.

主要方法:

• 在分析了92,974个注释的新组装的罗塞尔成绩单.
• 识别编码具有串联重复 (20-60 氨基酸残留) 的蛋白质的转录.
• 已识别的协同重复蛋白的域和功能注释分析.

主要成果:

• 确定了6 541个编码蛋白质的转录,这些转录具有并列重复.
• 发现了九个主要的串联重复蛋白家族:安基林 (ANK),阿马迪罗 (ARM),EF手,HEAT,凯尔奇,富含白 (LRR),五烯 (PPR),四烯 (TPR) 和WD40.
• 6,236个转录与1,045个已知的参与植物发育,免疫和应激反应的蛋白质有关.

结论:

• 罗塞尔转录组富含多种多重重复蛋白质.
• 这些发现为了解花中的TR功能和识别改善作物育种的基因提供了基础.