东京的SARS-CoV-2污水监测 (2020年5月至2022年6月):使用高通量,全自动化平台的方法
Ryota Kumagai1, Mamiyo Kawakami1, Fumi Kasuya1
1Department of Microbiology, Tokyo Metropolitan Institute of Public Health, 3-24-1 Hyakunin-Cho, Shinjuku-Ku, Tokyo, 169-0073 Japan.
Virusdisease
|October 28, 2024
概括
使用自动化测试监测SARS-CoV-2RNA的污水,有效地追踪COVID-19的流行. 这种方法还确定了关键的病毒突变,反映了东京的实时流行病状况.
科学领域:
- 环境微生物学环境微生物学
- 病毒学 病毒学
- 公共卫生监督是对公共卫生的监督.
背景情况:
- 严重急性呼吸道综合征冠状病毒2 (SARS-CoV-2) 存在于患者的废物中,导致其在污水中检测到.
- 在全球范围内,废水监测越来越多地用于监测2019年冠状病毒病 (COVID-19) 流行率.
研究的目的:
- 评估一种完全自动化的遗传检测方法,用于在污水固体中检测SARS-CoV-2RNA.
- 评估废水监测对跟踪COVID-19和识别病毒突变的有用性.
主要方法:
- 利用系统与Aptima SARS-CoV-2测试套件对污水固体进行自动测试.
- 在测试残留物上使用实时PCR检测特定的SARS-CoV-2尖端基因突变 (N501Y,L452R,E484A).
- 从2020年5月到2022年6月,监测了东京的两个废水处理厂.
主要成果:
- 使用自动化系统,在污水的固体部分有效检测到SARS-CoV-2RNA.
- 自动化方法在对SARS-CoV-2的定性监测中被证明是有效的.
- 检测到与流行流行病状况相关的尖端基因突变,证明了该方法能够反映病毒演变的能力.
结论:
- 完全自动化的平台对于在污水固体中检测SARS-CoV-2RNA是有效的.
- 废水监测为公共卫生提供了有价值的工具,提供了对COVID-19流行率和病毒变异的见解.
- 这种方法支持对公共卫生威胁的持续监测和快速反应.
