基于Cas9的针对性长读测序,用于RPE65位点的遗传查
Cristina Rodilla1,2, Gonzalo Núñez-Moreno1,2,3, Yolanda Benitez1,3
1Department of Genetics and Genomics, Instituto de Investigación Sanitaria-Fundación Jiménez Díaz University Hospital, Universidad Autónoma de Madrid (IIS-FJD, UAM), Madrid, Spain.
Frontiers in genetics
|October 29, 2024
概括
有针对性的长读序列测定 (LRS) 在遗传性视网膜缩 (IRD) 患者中有效识别了变异. 这种方法有助于在初步测试没有确定性时诊断罕见疾病,提高了分子诊断的准确性.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
- 眼科医生 眼科 眼科
背景情况:
- 长读序列 (LRS) 在结构变体检测和变体分相方面具有优势.
- 目标丰富策略可以优化分子诊断的测序成本和持续时间.
- 遗传性视网膜发育不良 (IRDs) 是一组影响视力的遗传性疾病.
研究的目的:
- 评估针对性长读测序在诊断遗传视网膜变症 (IRD) 患者的有用性.
- 评估纳米孔测序的性能与目标丰富用于*RPE65*基因的变异检测.
主要方法:
- 长读序列测序 (LRS) 在五名怀疑有*RPE65*变异的IRD患者身上进行.
- 包括*RPE65*位点在内的31kb区域是使用CRISPR-Cas9进行缩的目标.
- 进行了纳米孔测序,随后通过短读全基因组测序 (WGS) 进行验证.
主要成果:
- 纳米孔测序产生了271个读数的中位数,平均深度为109个,中位数读数大小为8kb.
- 通过临床外体序列测序 (CES) 检测到以前识别的所有变异.
- 纳米孔测序性能与类似覆盖范围的短读WGS可比,覆盖范围较低的假阳性结果显著增加.
结论:
- 有针对性的长读序列测定是鉴定罕见疾病变异的宝贵工具,特别是在IRD中.
- 这种方法增强了对患者的分子诊断,其中一级测试是不确定的.
- 目标丰富和LRS的组合为遗传变异识别提供了一种有效的方法.
