环境沉积物真菌社区分析方法的方法比较
Xinlei Li1, Yongjie Li1, Yingying Wang1
1College of Life Sciences, Henan Normal University, Xinxiang, 453007, China.
Environmental research
|October 31, 2024
概括
准确分析河流沉积物真菌需要多种方法. 内部转录间隔器 (ITS) 区域的高通量测序比环境样本的元基因组射击枪测序或18SrRNA基因测序更精确.
科学领域:
- 生态生态学 生态生态学
- 微生物学 微生物学
- 环境科学 环境科学
背景情况:
- 真菌群体是生态系统的关键组成部分.
- 在环境中分析真菌种群是具有挑战性的,因为检索的成分依赖于方法的变化.
- 准确评估真菌的数量和物种信息往往是模糊的.
研究的目的:
- 为了比较不同的分子方法来评估河流沉积物中的真菌种群.
- 确定一种更准确的方法来描述这种环境中的真菌群落.
- 确定用于真菌物种识别的原料和方法偏好.
主要方法:
- 使用内部转录间隔器 (ITS) 启动器 (ITS5/ITS1R,ITS1F/ITS2) 和18S rRNA基因启动器 (0817F/1196R) 的高通量测序 (HTS).
- 直接从环境样本中进行元基因组猎枪测序 (MS).
- 从板种植中获得的真菌样本的HTS.
- 多样性指数计算和真菌特征分析.
主要成果:
- 来自环境样本的ITS测序显示出比MS和18SrRNA基因测序更高的准确性,但表现出初级偏差.
- 在HTS之后的板种植揭示了超过30%的真菌物种,这些真菌物种在直接环境HTS中没有被检测到.
- NMDS分析表明方法之间存在显著的多样性差异,这表明它们是互补的.
- 使用ITS原料的HTS主要识别了丝状真菌 (超过85%),而MS主要识别了酵母 (62%).
结论:
- 没有任何一种方法可以提供河流沉积物中真菌群落的完整图像.
- 建议将培养,基于PCR的HTS (例如,ITS1F/ITS2) 和PCR独立的MS结合起来进行全面的真菌社区分析.
- 了解方法特定偏差对于准确的真菌社区评估至关重要.
