在一个弹性树枝,牛鼻 (Rhinoptera bonasus) 中进行非侵入性,表观遗传年龄估计
D Nick Weber1, Jennifer T Wyffels2,3, Chris Buckner4
1Marine Genomics Laboratory, Department of Life Sciences, Texas A&M University-Corpus Christi, Corpus Christi, TX, 78412, USA. dweber@islander.tamucc.edu.
Scientific reports
|November 1, 2024
概括
表观遗传时钟提供了一个精确而非致命的方法,用于老化牛鼻 (Rhinoptera bonasus). 在弹性枝状动物年龄估计方面的这一突破使用DNA甲基化进行精确的人口评估和保护工作.
科学领域:
- 海洋生物学 海洋生物学
- 遗传学 是一个遗传学.
- 保护科学 保护科学
背景情况:
- 准确的年龄估计对于弹性枝种群的评估和保护至关重要.
- 像脊椎衰老这样的传统方法是致命的,昂贵的,耗时的.
- 对于可持续的弹性枝状物管理,需要使用非侵入性技术.
研究的目的:
- 开发和验证表观遗传时钟,以估计牛鼻 (Rhinoptera bonasus) 的非致命年龄.
- 在可访问的组织中识别与年龄相关的DNA甲基化模式.
- 为传统老化方法提供更准确,更有效的替代品.
主要方法:
- 使用已知出生日期 (0-21岁) 的水族养殖场生长的牛鼻.
- 采用了酶转换的限制部位相关的DNA测序 (ECrad-seq) 来分析DNA甲基化.
- 开发了使用片和全血样本的表观遗传时钟.
主要成果:
- 表观遗传时钟实现了高精度 (MAE < 0.75年) 和精度 (R2 > 0.98).
- 在和血液组织中确定了与年龄相关的CpG位点.
- 一个多组织钟表表现出强的性能 (MAE<1年,R2=0.97).
- 成功估计了野生捕获个体的年龄,管理护理的年龄超过22年.
结论:
- 表观遗传时钟提供了一个可靠的,非侵入性的方法,用于老化.
- 这种方法对弹性枝科研究,保护和管理有重大影响.
- 为其他弹性枝条物种开发类似的表观遗传工具开辟了道路.
