在基于脂肪生物信息学和机器学习的肥胖中识别与代谢相关的生物标志物
Yanping Wang1,2, Honglin Wang3, Xingrui Yu4
1Department of Laboratory, The Affiliated Dazu Hospital of Chongqing Medical University, No. 1073 South Erhuan Road, Tangxiang Street, Dazu District, Chongqing, 402360, China.
Journal of translational medicine
|November 1, 2024
概括
与新陈代谢相关的新基因,Storkhead Box 1 (STOX1) 和NACHT和WD重复域含有蛋白2 (NWD2),被确定为肥胖的潜在诊断生物标志物. 他们的下调在肥胖模型中得到证实.
科学领域:
- 基因组学和分子生物学
- 代谢研究研究 代谢研究
- 生物标志物发现发现
背景情况:
- 肥胖是一个重要的全球健康问题,在全球范围内患病率各不相同.
- 了解导致肥胖代谢的遗传因素至关重要.
研究的目的:
- 为了确定参与肥胖的新型代谢相关基因.
- 探索肥胖的潜在诊断生物标志物.
主要方法:
- 对基因表达数据集 (GSE110729,GSE205668) 的分析,以确定差异表达基因 (DEG).
- 利用丰富分析,加权相关联网络分析 (WGCNA),随机森林和XGBoost用于基因和通路检测.
- 在小鼠模型中使用实时定量PCR (qRT-PCR) 验证的候选基因 (STOX1,NWD2).
主要成果:
- 确定了389个DEG,在代谢途径中显著丰富,特别是酸代谢.
- WGCNA确定了"色4"模块与酸盐代谢高度相关.
- 发现并验证了STOX1和NWD2作为关键的代谢相关基因,区分肥胖者和瘦人,在肥胖模型中显示下调.
结论:
- STOX1和NWD2被确定为与肥胖代谢相关的新型因素.
- 这些基因显示出潜力作为肥胖的诊断生物标志物.


