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Updated: Jun 9, 2025
Identification of Circular RNAs using RNA Sequencing
Published on: November 14, 2019
来自人类生物流体的细胞外囊中的圆形RNA景观
Jingjing Zhao1,2, Qiaojuan Li1,2, Jia Hu1,2
1Department of Integrative Oncology, Fudan University Shanghai Cancer Center, and Shanghai Key Laboratory of Medical Epigenetics, Institutes of Biomedical Sciences, Fudan University, Shanghai, 200032, China.
来自人体生物流体的细胞外囊泡 (EV) 衍生的循环RNA (circRNAs) 显示出作为疾病生物标志物的潜力. 这项研究确定了许多EV-circRNA,并阐明了RNA结合蛋白机制,以便将其分类为EVs.
科学领域:
- 生物化学 生化学
- 分子生物学分子生物学
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 循环RNAs (circRNAs) 是共封闭的,具有组织特异表达的单链RNA分子.
- 从液体活检中获得的细胞外囊 (EV) 是生物标志物发现的有希望的来源.
- 在EV中circRNAs的特征和作用在很大程度上仍未被探索.
研究的目的:
- 在各种人类生物流体中全面分析细胞外囊泡衍生的circRNAs (EV-circRNAs).
- 研究EV-circRNAs作为疾病诊断和治疗疗效的生物标志物的潜力.
- 阐明控制circRNAs分类成EVs的机制.
主要方法:
- 对1082个人类生物流体样本 (血,尿液,脑脊液,胆汁) 的转录基因分析.
- 使用RT-qPCR和RNA免疫沉降 (RIP) 试验进行验证.
- 对EV-circRNA特征和RNA结合蛋白 (RBP) 相互作用的计算分析.
主要成果:
- 在人类生物流体中识别了136,327个独特的EV-circRNAs.
- 与线性RNA相比,EV中的circRNAs富含量高,背接比率高.
- 发现脑特异性和与癌症相关的EV-circRNAs,有可能用于非小细胞肺癌 (NSCLC) 免疫疗法疗效评估.
- 确定YBX1作为参与EV-circRNA分类的关键RBP.
结论:
- 这项研究揭示了大量的EV-circRNAs,具有作为疾病生物标志物的巨大潜力.
- 阐明RBP介导的分类机制提供了对EV-circRNA生物发生的见解.
- 这些发现为EV-circRNAs在诊断和治疗中的临床应用开辟了新的途径.
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