一个高吞吐量单分子平台,用于研究DNA超卷对蛋白质-DNA相互作用的影响
Huijin Lee1,2, Jihee Hwang2,3, Fahad Rashid1
1Department of Biophysics and Biophysical Chemistry, Johns Hopkins School of Medicine, Baltimore, Maryland, 21205, USA.
bioRxiv : the preprint server for biology
|November 1, 2024
概括
DNA超级卷对蛋白质相互作用产生影响. 我们的新方法揭示了负超线圈增加了CRISPR-Cas9的脱效应,而正和负超线圈都增强了MutS与不匹配DNA的结合.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 生物物理学的生物物理.
背景情况:
- DNA超级卷是影响DNA代谢和蛋白质相互作用的关键因素.
- 在单个分子水平上了解超级卷的作用对于阐明DNA-蛋白质动态至关重要.
研究的目的:
- 开发一个强大的协议,用于特定站点的DNA修改和超级卷导诱导.
- 研究DNA超级卷对CRISPR-Cas9和MutS蛋白的功能活动的影响.
主要方法:
- 用光体和生物素对等离子体DNA进行特定地点的标记.
- 使用陀螺酶和逆陀螺酶诱导负和正超卷.
- 在不同超圈条件下对蛋白质-DNA相互作用的单分子分析.
主要成果:
- 阴性DNA超卷显著增加了CRISPR-Cas9.9的非目标DNA解.
- 阴性和阳性超卷都提高了MutS与不匹配的DNA基对的结合亲和力.
- 超级卷轴不会改变由MutS.引起的ATP滑动形成的速度.
结论:
- 开发的协议提供了一种多功能工具,用于研究DNA与蛋白质相互作用的超效应.
- DNA超级卷对 Cas9 和 MutS 等与DNA相互作用的蛋白质的活性进行差异调节.
- 这些发现为DNA拓在生物过程中的调节作用提供了新的见解.


