机器学习模型确定了CERS6和TLR4中西斯普拉丁诱导的耳毒性遗传预测因子
Ali Arab1, Bahareh Kashani2, Miguel Cordova-Delgado3
1School of Computing Science, Simon Fraser University, Burnaby, BC, Canada.
Computers in biology and medicine
|November 2, 2024
概括
西斯普拉丁治疗可能会导致儿童的听力损失. 这项研究确定了两种基因标记物,CERS6和TLR4,与西斯普拉丁诱导的耳毒性相关,为个性化儿科癌症护理铺平了道路.
科学领域:
- 药物基因组学 药物基因组学
- 遗传学 是一个遗传学.
- 儿科瘤学 儿科瘤学
背景情况:
- 西斯是一种重要的化疗剂,但在儿童癌症患者中引起永久性耳毒性,影响他们的生活质量.
- 以前的遗传关联研究旨在确定与这种严重不良药物反应相关的变异.
研究的目的:
- 使用先进的计算方法识别与西斯普拉丁诱导的耳毒性相关的遗传标记.
- 利用儿科癌症患者的基因组数据来发现新的遗传关联.
主要方法:
- 通过BRI-Net方法利用可解释的神经网络和生成对抗网络 (GAN).
- 纳入生物领域的知识和对抗性培训,以提供强大的,公正的数据表示.
- 分析了362名儿童癌症患者的基因组数据,这些患者接受了西斯普拉丁治疗 (CPNDS队列).
主要成果:
- 确定了两个统计学上显著的单核酸多态 (SNP),与西斯胺诱导的耳毒性相关.
- 在CERS6 (rs13022792) 和TLR4 (rs10759932) 基因中发现了与标记物的关联.
- CERS6与胺水平升高有关,而TLR4与西斯胺诱导的炎症有关.
结论:
- 鉴定到的基因标记物为了解西斯普拉丁诱导的耳毒性提供了基础.
- 这些发现对改善儿科瘤学患者护理和治疗结果有影响.
- 突出了将计算方法与生物知识相结合的潜力,用于制药基因组学的发现.
