手指如何影响指的折叠:在SARS-CoV-2 RdRp蛋白的折叠中进行跨子域合作
Anushree Sinha1, Angel Mary Chiramel Tony1, Susmita Roy1
1Department of Chemical Sciences, Indian Institute of Science Education and Research Kolkata, West Bengal 741246, India.
SARS-CoV-2 的RNA依赖RNA聚合酶 (RdRp) 经历了由其手指和指子域调节的呼吸运动. 接口上的特定残留物充当远程开关,对于指折叠和潜在的全药物点至关重要.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 病毒学 病毒学
- 生物物理学的生物物理.
背景情况:
- 依赖RNA的RNA聚合酶 (RdRp) 对SARS-CoV-2复制至关重要,也是关键的治疗点.
- RdRp具有右手结构,指和指子域合作进行RNA结合.
研究的目的:
- 调查SARS-CoV-2 RdRp.手指指相互作用的基于结构的机制.
- 了解在apo和RNA结合状态中的构造动态.
主要方法:
- 使用冷电子显微镜数据构建基于粗粒度结构模型.
- 对apo和RNA结合的RdRp进行模拟,以分析形态转换.
主要成果:
- Apo RdRp表现出频繁的开放到闭合的形状过渡,类似于呼吸运动.
- 手指与指的关联和指折叠的动态调节了这些转变.
- 距离RNA位点远的指-手指界面的特定残留物对于指折叠至关重要.
结论:
- 大指子域需要通过手指-大指接口进行绑定,以实现稳定的折叠.
- 接口残留物作为远程调节开关,对于RdRp功能至关重要.
- 这些残留物代表了针对SARS-CoV-2的全性药物开发的潜在目标.
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