沿着尺寸分数梯度评估浮游生物相关 prokaryotes 的多样性: 一个方法的评估评估
Léa Cabrol1, Mélanie Delleuze2, Arthur Szylit3
1Aix Marseille Univ, Université de Toulon, CNRS, IRD, MIO, Marseille, France; Millennium Institute BASE "Biodiversity of Antarctic and Subantarctic Ecosystems", Las Palmeras, 3425, Santiago, Chile; Instituto de Ecologia y Biodiversidad, Santiago, Chile.
研究海洋浮游生物相关的核细胞发现,微生物群落在不同的浮游生物大小分数和DNA恢复方法中存在显著差异. 直接提取DNA被证明是最有效的准确的原生生物多样性评估.
科学领域:
- 海洋微生物学 海洋微生物学
- 分子生态学分子生态学
背景情况:
- 海洋 prokaryotes 对于生态系统功能和营养循环至关重要.
- 了解浮游生物-微生物群需要高尺寸分数分辨率.
- 细胞DNA通常会使核细胞社区分析复杂化.
研究的目的:
- 为了比较浮游生物大小分数中的 prokaryotic 多样性.
- 评估不同DNA回收方法对微生物社区概况的影响.
- 为了识别尺寸分数和方法特定的原生生物种群.
主要方法:
- 使用了16S rRNA基因测序.
- 分析了六种浮游生物的尺寸分数,从自由生活到中浮游生物.
- 测试了三种DNA回收方法:直接提取,脱预处理和丰富后处理.
主要成果:
- 浮游生物微生物群的组成因浮游生物的大小而有显著的变化.
- 方法方法强烈影响了观察到的原生生物多样性.
- 通过细胞吸附前处理来丰富维布里奥纳氏菌.
- Prokaryotic DNA 丰富显示出对特定分类的特定效应.
结论:
- 直接DNA提取是研究浮游生物相关 prokaryotic 多样性的最可靠的方法.
- 方法选择对海洋微生物群落的表征产生了重大影响.
- 尺寸分数分辨率对于精确的浮游生物微生物群的生态评估至关重要.
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