在实践中使PBPK模型更容易复制.
Elena Domínguez-Romero1,2, Stanislav Mazurenko3,4, Martin Scheringer2
1Department of Bioinformatics-BiGCaT, School of Nutrition and Translational Research in Metabolism, Faculty of Health, Medicine and Life Sciences, Maastricht University, P.O. Box 616, 6200 MD, Maastricht, The Netherlands.
可重现的生理学基础药理动力学 (PBPK) 模型对于系统生物学至关重要. 本研究提出了报告建议和协调的缩写,以提高PBPK模型的可复制性和互操作性.
科学领域:
- 系统生物学 系统生物学
- 计算建模计算建模
- 药理动力学 药理动力学
背景情况:
- 系统生物学依赖于数学建模来理解生物系统.
- 计算模型的可重现性是该领域的一个重大挑战.
- 基于生理学的药理动力学 (PBPK) 模型对于评估化学物质暴露效应至关重要.
研究的目的:
- 解决PBPK模型中可重现性的挑战.
- 在开发和实施期间为PBPK模型报告提出建议.
- 为了协调PBPK建模中使用的缩写.
主要方法:
- 总结PBPK模型报告准则.
- 建议为PBPK模型提供标准化缩写系统.
- 在MATLAB中开发和呈现可复制的PBPK模型代码.
主要成果:
- 在 MATLAB 中提供了一个原始的,可重现的 PBPK 模型代码.
- 展示了一个使用MOCCASIN将MATLAB PBPK代码转换为系统生物学标记语言 (SBML) 的例子.
- 提出了关于PBPK模型报告和缩写协调的建议.
结论:
- 遵守报告准则和标准化缩写,提高了PBPK模型的可复制性和可理解性.
- 为了更好的互操作性,需要增加用于跨平台模型转换的工具开发.
- 跨学科的合作对于推进系统生物学中的良好建模实践至关重要.
更多相关视频
08:29An Open Source Technology Platform to Manufacture Hydrogel-Based 3D Culture Models in an Automated and Standardized Fashion
Published on: March 31, 2022
09:09Generating a Reproducible Model of Mid-Gestational Maternal Immune Activation using PolyI:C to Study Susceptibility and Resilience in Offspring
Published on: August 17, 2022
相关概念视频
Mechanistic Models: Compartment Models in Individual and Population Analysis
Mechanistic Models: Compartment Models in Algorithms for Numerical Problem Solving
In individual population analyses, different algorithms are employed, such as Cauchy's method, which uses a...
Regression Toward the Mean
