StreptomeDB 4.0:一个综合数据库的链杆菌素天然产品丰富的蛋白质相互作用和互动的光谱可视化
Yue Feng1, Ammar Qaseem1, Aurélien F A Moumbock1
1Institute of Pharmaceutical Sciences, Albert-Ludwigs-Universität Freiburg, Hermann-Herder-Str. 9, D-79104 Freiburg, Germany.
Nucleic acids research
|November 5, 2024
概括
StreptomeDB 4.0扩展了其细菌天然产品 (NP) 收藏,并引入了用于发现治疗药物的新工具. 这个数据库有助于研究人员识别来自Streptomycetes的新型抗菌剂.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 生物化学 生物化学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 链杆菌是具有治疗潜力的天然产品 (NP) 的重要来源,特别是用于对抗抗菌素耐药性.
- 现有的数据库需要更新,以纳入新的发现,并提高研究人员的可用性.
研究的目的:
- 为了展示StreptomeDB 4.0,一个显著更新的Streptomycetes的NP数据库.
- 引入新的功能,以改进NP发现,分析和结构性脱复制.
主要方法:
- 从同行评审文献中对NP进行手动注释.
- 针对NP-蛋白关系的自动化文献挖掘 (CPRiL).
- 基于NP蛋白相互作用的药理基预测 (ePharmaLib).
- 与antiSMASH集成用于基因组挖掘.
- 实现用于光谱数据的交互式可视化工具 (JSpecView,plotly.js).
- 用更新的软件 (PostgreSQL,Django) 重新设计数据库后端和前端.
主要成果:
- StreptomeDB 4.0 包含来自约 3900 个链杆菌体的 8500 多个NP,从约 7600 篇文章中整理出来.
- 新功能包括自动NP蛋白链接,预测相互作用和交互式光谱数据可视化.
- 通过反SMASH超链接进行增强的基因组挖掘.
- 更新基础设施以提高性能和用户体验.
结论:
- StreptomeDB 4.0是一个重要的,全面的资源,用于探索Streptomycetes的代谢途径.
- 促进新疗法,特别是抗菌剂的发现.
- 为研究人员提供先进的工具,用于天然产品研究和药物发现.
