染色体结构作为Micromonospora中的生物合成多样性的决定因素

科学领域:

• 微生物学 微生物学
• 基因组学就是基因组学.
• 自然产品 化学 化学

背景情况:

• 自然产品是生物为生态相互作用而产生的重要小分子,作为关键药品.
• 了解生物合成基因集群 (BGCs) 的基因组组织和进化作用是发现新型自然产品的关键.
• 像Micromonospora一样,行动菌群是重要的自然产品的丰富生产者,但它们的BGC组织尚未完全理解.

研究的目的:

• 为了研究生物合成基因集群 (BGCs) 的染色体组织,在Micromonospora.
• 为了确定BGC分布是否在Micromonospora染色体中相对于复制的起源而有所不同.
• 为了比较Micromonospora中的BGC组织与其他细菌,如Streptomyces,以确定保存的模式.

主要方法:

• 利用公开可用的,高质量的基因组组件的Micromonospora物种.
• 针对Micromonospora染色体围绕复制的起源来分析基因群分布.
• 进行基因组挖掘,以基于预测的生物合成途径和序列同质性来识别和分类BGC.

主要成果:

• 在Micromonospora染色体中发现了一个保存的原点-近位区域,该区域向原点的反足方向逐渐失序.
• 在原点近端和原点远端区域确定了BGC的不同种群,反映了Streptomyces中的组织.
• 在原始-近端区域发现了烯和III型多基酸合成酶的保存BGC,在原始-远端区域发现了多样化,独特的BGC家族.

结论:

• 在Micromonospora中的基因组可塑性是特定于位置的,BGC分布受到染色体位置的影响.
• 高质量的基因组组合对于准确的自然产品发现至关重要.
• 生物合成的新奇性很可能在Micromonospora内部的特定染色体社区中得到丰富,指导未来的发现工作.