来自COVID-19患者的血miRNA分析的数据规范化
Julia Tiemi Siguemoto1, Carolini Motta Neri1, Nadine de Godoy Torso2
1Faculty of Pharmaceutical Sciences, Universidade Estadual de Campinas, Campinas, 13083970, Brazil.
Scientific reports
|November 5, 2024
概括
确定稳定的内源性正常化剂对于准确的microRNA (miRNA) 表达分析在COVID-19患者中至关重要. 这项研究发现hsa-miR-205-3p是2019年冠状病毒疾病中血miRNA表达最适合的参考基因.
科学领域:
- 生物化学和分子生物学
- 病毒学 病毒学
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 通过逆转录定量聚合酶链反应 (RT-qPCR) 精确量化微RNA (miRNA) 表达,需要稳定的内源参考基因进行正常化.
- 缺乏普遍接受的参考基因使miRNA表达分析复杂化,特别是在2019年冠状病毒病 (COVID-19) 等疾病的背景下.
研究的目的:
- 通过使用RNA-Seq和RT-qPCR技术,确定最合适的内源性正常化剂来评估COVID-19患者的血miRNA表达.
- 根据表达稳定性和历史发现日期评估潜在的参考基因.
主要方法:
- 用RNA测序 (RNA-Seq) 来识别COVID-19患者和健康志愿者之间以及严重和轻度COVID-19病例之间差异表达的miRNA.
- 候选内源性正常化剂是根据包括折叠调节,p值和发现年龄在内的标准进行选择的.
- 选择的候选miRNAs (hsa-miR-34a-3p,hsa-miR-194-3p,hsa-miR-17-3p和hsa-miR-205-3p) 在一个更大的125名患者队列中使用RT-qPCR进行了验证.
主要成果:
- RNA-Seq在患者组之间识别了差异表达的miRNA,为正常化选择提供了基础.
- 四个miRNA满足了稳定表达的初始选择标准.
- 通过RT-qPCR验证证实hsa-miR-205-3p是唯一符合条件的内源性正常化剂,因为它在COVID-19的背景下在比较组中表达稳定.
结论:
- hsa-miR-205-3p是适合和验证的内源性正常化剂,用于COVID-19患者的血miRNA表达研究.
- 这些发现为提高基于miRNA的诊断和与COVID-19相关的研究的准确性和可靠性提供了关键的工具.
- 这项研究强调了对特定疾病背景的参考基因严格验证的重要性.
