对抗Nilaparvata lugens的RNAi潜在目标候选者的全基因组选择
Zhang Jinshi1, Li Mei2, Lian Jinjin1
1College of Life Sciences, Zhejiang Normal University, Jinhua, 321004, P. R. China.
BMC genomics
|November 5, 2024
概括
这项研究开发了一种新的in silico方法,用于识别棕色植物 (Nilaparvata lugens) 中的RNA干扰 (RNAi) 目标,这是一种主要的水害虫. 这种方法成功地确定了115个潜在的目标基因,为害虫控制提供了可扩展的解决方案.
科学领域:
- 农业昆虫学 农业昆虫学
- 分子生物学分子生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 尼拉帕尔瓦塔 (Nilaparvata lugens) 是一种重要的水害虫,会严重破坏作物.
- 目前基于RNA干扰 (RNAi) 的害虫控制策略在识别有效的基因方面面临挑战.
- 以前用于选N. lugens中的RNAi标的方法是有限的,通常一次只能识别一个或几个基因.
研究的目的:
- 开发和实施一种全基因组的in silico选方法,用于识别Nilaparvata lugens中的潜在RNAi基因.
- 通过同时选择多个目标候选人来克服以前方法的局限性.
主要方法:
- 在Nilaparvata lugens和Drosophila melanogaster之间的基因组全方位同质性比较中使用.
- 进行基因组合成比较,以确定保存区域.
- 对与致命或无菌表型相关的D. melanogaster同类对N. lugens蛋白进行选,以确定假定目标.
主要成果:
- 大约3.5%的Drosophila melanogaster基因组显示了与N. lugens基因组保持的合成.
- 一项初步查在N. lugens.中发现了358个假定标基因.
- 从假定清单中随机选择的基因 (NlRan,NlSRP54) 的dSRNA表达的转基因大米增强了对N. lugens的耐药性.
- 在表达和安全性检查之后,115个N. lugens基因被证实是潜在的RNAi标候选者.
结论:
- 这项研究提出了第一个基于基因组全方位同质性的选方法,用于针对N. lugens的RNAi标.
- 这种方法为害虫物种中潜在的RNAi标的批量选择提供了一个新的机会.
- 鉴定到的候选物质将有助于在N. lugens和潜在的其他害虫物种中选择RNAi目标.
