通过多步骤和高通量方法识别新型3D基因组改变和17型色素视网膜炎背后的复杂结构变异
Suzanne E de Bruijn1, Daan M Panneman1, Nicole Weisschuh2
1Department of Human Genetics, Radboud University Medical Center, Nijmegen, Netherlands.
Frontiers in genetics
|November 7, 2024
概括
这项研究开发了一种新的工作流程,以检测导致17型自体主导视网膜炎 (adRP) 的复杂结构变异 (SV). 这种方法可以有效地发现RP17-SV,支持将其纳入adRP的常规诊断.
科学领域:
- 遗传学 是一个遗传学.
- 眼科医生 眼科 眼科
- 基因组医学是基因组医学.
背景情况:
- 自体主导性视网膜色素炎17型 (adRP) 与 chr17q22位点的复杂结构变异 (SV) 有关.
- 这些SV通过改变拓关联域 (TAD) 结构来破坏基因调节,形成新的TAD (新TAD) 和异胎增强剂-基因接触.
- 目前对RP17-SV的诊断查由于变体复杂性和缺乏成本有效的方法而受到限制.
研究的目的:
- 建立一个系统和高效的工作流程,以准确检测新型RP17相关的SVs.
- 提高诊断能力,识别adRP的遗传原因.
主要方法:
- 使用smMIP或针对RP17位点量身定制的qPCR选了509个基因不明的adRP试验对象.
- 通过SNP-array基因型化验证的副本数量变化和通过PCR,基因组测序和光学基因组映射来表征的SV断点.
- 在模拟中用于预测新TAD形成和宫外增强剂-基因接触.
主要成果:
- 在8个探测器中确定了潜在的RP17-SV,其中7个已确认.
- 发现了两个新的SVs (DE-SV9,US-SV10),预计会导致TAD重组和增强-GDPD1接触.
- 在澳大利亚试验者 (UK-SV2,SA-SV3) 中确认了先前报告的RP17-SV.
结论:
- 一个经过验证的多步管道使RP17-SV的可靠和有效发现成为可能,扩大了与疾病相关的变异的范围.
- RP17-SV是adRP的常见原因,这证明了它们被列入标准诊断测试的合理性.
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