通过地标和基于轮的几何形态学对鱼类形态学的定量分析,使用自由软件
1Pearl River Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences, Guangzhou, China.
Bio-protocol
|November 8, 2024
概括
本研究介绍了使用自由软件对鱼类形态学的几何形态学 (GM) 分析的全面工作流程. 该协议详细介绍了地标和轮分析,用于在生物学和进化中进行 robust 形状变异评估.
科学领域:
- 进化生物学 进化生物学
- 形态测量法 形态测量法 形态测量法
- 鱼类学 鱼类学 鱼类学
背景情况:
- 对生物形状进行定量和强大的分析对于理解进化过程至关重要.
- 几何形态测量 (GM) 是一种用于形状变异研究的强大技术,但需要标准化的工作流程.
- 现有的鱼类形态分析方法往往缺乏全面,高通量和公正的方法.
研究的目的:
- 为鱼类形态学的几何形态分析提供一个全面的,逐步的工作流程.
- 提供使用免费软件 (TPS系列,MorphoJ,ImageJ,R) 进行形状分析的详细说明.
- 为了促进鱼类的形状变化的稳健和定量分析,使用地标和轮.
主要方法:
- 使用了概括的Procustes分析 (GPA),主要组件分析 (PCA),区分函数分析 (DFA) 和正规变量分析 (CVA).
- 在R中使用Momocs包来进行深入的鱼轮分析和数据操纵.
- 涵盖了从图像采集和地标数字化到概述分析和结果可视化的整个过程.
主要成果:
- 开发了一个详细的协议,整合了地标和轮数据,用于对鱼类的全面二维形状变异分析.
- 以大鱼 (Micropterus salmoides) 为例,证明了工作流的适用性.
- 该协议简化了复杂的转基因分析,使得不同经验水平的用户可以访问它们.
结论:
- 编制的协议提供了一种详细且易于使用的方法来评估鱼的形状变化.
- 这种工作流适用于分析各种物种和种群的形态数据.
- 预计转基因软件和可互操作的数据格式的进步将进一步增强形态分析.
